YABAFA Islamic Boarding School menerapkan perpaduan kurikulum DIKNAS dan INTI PESANTREN yang kedua-duanya diberikan kepada para peserta didik 100 %. Adapun yang menajdi muatan kurikulum INTI PESANTREN adalah sebagai berkut:
A. Program Inti Pesantren
- Tahfidl Al-Qur’an : Hafal Al Qur’an dalam 2 semester sebanyak 2 Juz
- Tahfidz Al Hadits : Kitab Hadits (Soheh Bukhari wal Muslim)
- Pendidikan Nahwu-Sorof
- Muatan ulum syar'iyyah sesuai dengan tingkatan kelas masig-masing
- Qiroat wa bahsul Kutub
- Hifdhul Mutun dan Khitobah
- Potensi individu terdiri dari (bimbel, private, try out, study club, pear tutor)
- Program Bahasa Arab dan Inggris
- Jam’iyyah/study club (Hadits, Bahasa Arab dan Bahasa Inggris)
B. Program Penunjang Pesantren
Program ini di desain untuk menunjang peningkatan potensi akademik, pembinaan sikap, watak dan kepribadian, serta penghayatan dan pengamalan nilai-nilai Islam. Program ini meliputi :
- Belajar di asrama secara mandiri dan terbimbing
- Pembinaan sikap, kepribadian, penghayatan dan pengalaman nilai Islam
- Leadership melalui kegiatan organisasi kesiswaan, dan kepanduan dengan muatan syar’i
- Enrichment teaching/pengayaan, ilmu umum dan ‘ulum syar’iyyah Remedial teaching bagi peserta didik yang mengalami kesulitan dalam menguasai ilmu dasar.
- Matrikulasi bahasa Arab dan Inggris Mulai kelas II, bahasa pengantar KBM di kelas menggunakan bahasa Arab dan Inggris
- Bimbingan Belajar Intensif Ujian Nasional (UN) dan SPMB ke perguruan tinggi unggulan ketika santri duduk di kelas 3(tiga) SMP dan SMA
- Kerjasama dengan bimbel dari luar dengan penilaian yang selektif bagi peningkatan belajar anak dalam ulum 'asriyyah khususnya santri kelas XII.
- Program Penelusuran Minat dan Bakat yang sudah dimulai sejak SMP kelas 8.
C. Mata Pelajaran Pesantren (Kajian Kitab Kuning)
Tingkat SMP Kelas VII, VIII, dan IX:
Kelas VII
- Kitab Fiqih I (Syarah Matan Safinah)
- Kitab Tauhid I (Syarah Matan Tijannuddaruriy)
- Kitab Nahwu I (Syarah Matan Jurumiyyah)
- Kitab Shorof I (Tasrifan/Shorof Bina)
- Kitab Akhlaq I (Matan Akhlaqul-banain)
- Syiroh Nabawi (Khulasotun-nurul Yaqien))
Kelas VIII
- Kitab Sulam Munajat
- Kitab Ruyadul Badi'ah
- Kitab Qiyasan
- Kitab Shorof II (Shorof Kaelany)
- Kitab Akhlaq II (Matan Ta'lim Muta'alim)
- Syiroh Nabawi (Khulasotun-nurul Yaqien Jilid II dan III)
- Kitab Akhlaq II (Akhlaqul-banain Jilid II dan III)
- Mukhtarol Ahaadits
Kelas IX
- Kitab Alfiyah Ibnu Malik I
- Kitab Bajuri Jilid I dan II
- Kitab Tafsir Jalalain Jilid I
- Kitab Riyadhus-sholihin Jilid I
Tingkat SMA/SMK Kelas X XI, dan XII:
Kelas X
- Kitab Alfiyah Ibnu Malik Jilid II
- Kitab I'anatut-Thalibin Jilid I dan II
- Kitab Mantiq (Sulam Munauroq)
- Kitab Ulumul Hadits (Mustholahul Hadits)
- Kitab Ushul Fiqih(Waroqot)
- Kitab Tafsir Jalalain Jilid II
- Kitab Riyadhus-Sholihin Jilid II
- Kitab Bukhori Jilid I dan II
Kelas XI
- Kitab Jauhar Maknun
- Kitab I'anatut-Thalibin Jilid III dan IV
- Kitab Ghoyatul Wushul
- Kitab Bukhori Jilid II
- Kitab Tafsir Ibnu Katsir
Kelas XII
- Kitab Jam'Ul Jawami
- Kitab Al-Iqna
- Kitab I'anatut-Thalibin Jilid IV
- Kitab Bukhari Jilid IV
- Pembuatan Karya Ilmiah (Pembuatan Kitab/buku Ilmiah)
- Sidang Karya Ilmiah
- Wisuda
